Sie ist eine der ältesten des ganzen Isengaues. Die Pfarrchronik erwähnt, dass nach einer alten Sage die Kirche auf einem Opferstein oder Göttertempel errichtet worden sein soll. Über ihre Vorgeschichte wurde schon an mehreren Stellen berichtet. Das jetzige Gotteshaus wurde 1725 im Zopfstil neu gebaut und der noch aus dem Mittelalter stammende Turm mit einer barocken Zwiebel versehen. Die Kirchenweihe fand am 23. September 1725 statt. Im Inneren entspricht die Höhe des Gewölbes nicht ganz dem etwas zu kurzen Langhaus.
Der Hochaltar von 1880 wurde bei der Renovierung 1973 entfernt. Das Ölgemälde dieses Altares hängt nun rechts im Altarraum. Der jetzige Hochaltar mit dem Johannes Evangelist stammt aus der Fürstenfeldbrucker Gegend. Der Seitenaltar auf der Evangelienseite ist der Mutter Gottes von Altötting und der auf der Epistelseite dem hl. Johann von Nepomuck geweiht. Beide Seitenaltäre übertreffen in ihrem barocken Aufbau weit den Hochaltar. Besonders die Figur des Johann von Nepomuck könnte nach der graziösen Haltung, den ausdrucksstarken Gesichtszügen und den durchgearbeiteten Händen aus der Werkstatt von Christian Jorhan stammen. Bemerkenswert sind auch die Schwarz-weiß-Marmorierungen an den Säulenfüßen und an der Kanzel. Von ferne gesehen denkt man an zerklüftetes Gestein, das mit dem Pinsel förmlich spielerisch mit schwarzer Farbe hingezeichnet wurde. Erst beim Näherkommen entdeckt man, dass dazwischen wie in Hohlräumen Architekturen, Figuren usw. enthalten sind. Arbeiten dieser Art, so auch in Tading, Niederding und Oppolding (alle Orte im Lkr. Erding), werden dem genialen Maler und Faßmaler Andre Zellner aus Furth im Wald und dessen ebenso tüchtigen Sohn Franz Xaver Zellner, der in Erding ansässig war, zugeschrieben. Die Bilder aus dem Leben des Johannes des Täufers an der Emporenbrüstung zeigen: Johannes predigt in der Wüste, Johannes tauft Jesus, Johannes vor König Herodes, Johannes wird enthauptet.
Von den drei Glocken trägt die größte die Aufschrift „Laudate eum in tympano et choro, laudate eum in chordis et organo 1536“, die mittlere: „Meister Michl zu Heidelberg goss mich anno 1512 in sankti johannis leut ich“, die kleinste: „in den ern unser frauen...“. Es folgen mehrere schwer zu entziffernde Buchstaben. Die zum Teil sehr guten Paramente hat der Landesdirektionsrat von Widnmann aus seiner Kapelle in Erding gestiftet.
Bemerkenswert ist eine Votivtafel links vom Hochaltar. Sie trägt die Beschriftung „Zu diser Gnaden Mutter verlobt sich Stephan Rumpfinger Bauer am Stocha, in gröster Lebens gefahr, da er in Wald von denen Franzosen gefangen, und als Spion behandlet, in der ganzen Schlacht bey Höchenlinden am 3. Decemb. 1800, unter ihnen gewest, Endlich hat er sich bey einer zusamen gefallnen Stroh hüten geflichtet und durch vorbitt Maria mit diser opfer Tafel und einer H. Mess zu Hilf und trost denen armen seelen, glicklich Endtkomen, Gott und Maria sey ewig Dank gesag“. Das Bild zeigt ein Schlachtgetümmel, links Österreicher, rechts Franzosen. In einer Wolke die schwarze Mutter Gottes von Altötting, zu ihren Füßen zwei Engel. Die Hauptfigur im Vordergrund ist gerade im Begriff, sich im Stroh zu verstecken. – Früher sollen in der Kirche von Kronacker noch mehr Votivbilder an den Wänden angebracht gewesen sein.
Im anschließenden Friedhof standen früher bei den Gräbern schmiedeeiserne Kreuze. Im Turm an der Westseite außen steckt noch eine Kanonenkugel aus der Schlacht von Hohenlinden. Sie dürfte aus einer französischen Kanone stammen, die abfeuernde Batterie könnte etwa am Waldrand des Ebersberger Forstes gestanden haben, 3 - 4 km entfernt.
Mit der Vollendung der neuen Pfarrkirche in Hohenlinden verlor die Kirche von Kronacker ihre früher dominierende Stellung. Nach einem letzten Kampf um die Gottesdienstordnung wurde doch durchgesetzt, dass diese Kirche jetzt als Filialkirche das Recht auf regelmäßigen Gottesdienst an Sonn- und Feiertagen verlor. Jetzt wird wöchentlich an einem Werktag ein Gottesdienst gehalten. In der Pfarrbeschreibung von 1874 heißt es noch unter Hohenlinden: „Pfarrkirche Kronacker. Patrozinium am 6. Mai. Pfarrgottesdienst im Wechsel mit den Filialen Hohenlinden und Preisendorf, also jeden 3. Sonntag; an mehreren Festtagen trifft der Gottesdienst in den Filialen. Ewige Anbetung ist am 21. Juni. Sept.-Ablässe am Neujahrsfest, Patrocinium und Allerheiligen. Aushilfe ist zu leisten am Fest Mariä Himmelfahrt in Tading, am schmerzhaften Freitag in Mittbach und am 20. Juli in Pemmering.
Außerordentliche Andachten: Einige, gewöhnlich 3 Rorate nach Angabe; an den Hauptfesten Vesper in Kronacker; an den gewöhnlichen Sonntagen Rosenkranz in Hohenlinden. Bittgang am 25. Juli nach St. Christoph mit geistlicher Begleitung. Stiftungen: 16 Jahrtage mit Vigil und Requiem, 3 Jahrmessen. Mesner ein Gütler in Kronacker. Cantor der Lehrer von Hohenlinden. Vermögen der Kirche: rentierlich 12.524 M, nichtrentierlich 11.275 Mark“.
Diese Kirche hatte bis 1963 am Eingang rechts und links ein Beinhaus in der Form eines Schrankes mit Einzelfächern und doppelflügeliger Holzgittertür. Die Schädel von Herrn und Knecht, Bäuerin oder Magd, lagen nebeneinander, die der Tod über alle früher trennenden Schranken hinweg in der letzten Ruhe zusammenführte. Schädel, deren ehemalige Träger dem Finder noch bekannt waren, wurden in volkstümlich schlichter Art beschriftet und auch mit ornamentalem Rankenwerk oder mit Symbolen und Initialen bemalt. Andere lagen dazwischen, sowie sie die Erde freigab. Die ältesten, kaum noch lesbaren Beschriftungen in Kronacker sagten aus, dass die fraglichen Schädel bereits in den Jahren 1767, 1771 - 1773 gefunden und in das Beinhaus geschafft wurden. Sie gehörten also wahrscheinlich Menschen, die um die Mitte bis Ende des 16. Jahrhunderts lebten und deren Eltern noch den 30jährigen Krieg mitmachten. Ein mit grünem Stirnkranz, roten Blüten und roter Schleife bemalter Kopf zeigt die Inschrift: „Ursula Mareinn starb den 27. Hornung Anno 1773 im 42sten Jahr Ihres Alters“, eine Frau also, die 1731, neunzig Jahre nach dem Friedensschluss von Münster und Osnabrück, geboren wurde. Auf einem ähnlich verzierten Kopf steht: „Elisabeth Wimmer, Jehlbäuerin in Kronacker, geb. 25. Sept. 1785, gest. 14. Apr. 185.. Auch Ihr Haupt ist wieder gefunden worden den 22. ... 18 .. Friede ihr Asche“.
Gemeinde Hohenlinden
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